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連番で何個もフォルダを作成する場合新規作成でフォルダを作り名前を変更して作るのはかなりめんどくさい。
その中に入れ子でフォルダを作るとなるとかなりめんどう。
その場合はバッチファイルで作ることが出来ます。
フォルダ名＋連番のバッチファイルは下記
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@echo off

set /p foldername="フォルダ名を入力："
set /p number="フォルダ数を入力："

setlocal enabledelayedexpansion

for /l %%i in (1,1,%number%) do (
set num=0%%i
set num=!num:~-2,2!
mkdir %foldername%!num!
)

endlocal
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メモ帳で上記を記述し、拡張子「bat」で保存（文字コードははANSI)
そのファイルを連番フォルダを作成したい所に置いて実行すれば、「フォルダ名＋連番」のフォルダが指定した数だけ出来ます。
フォルダ名を入れなければ連番のみのフォルダになります。

入れ子にするフォルダが複数個ある場合は「連番＋フォルダ名」にしたものを名前の種類ごとに作り、フォルダ名でソートすれば移動が楽になります。
連番＋フォルダ名のバッチファイルは下記
-----------------------------------------
@echo off

set /p foldername="フォルダ名を入力："
set /p number="フォルダ数を入力："

setlocal enabledelayedexpansion

for /l %%i in (1,1,%number%) do (
set num=0%%i
set num=!num:~-2,2!
mkdir !num!%foldername%
)

endlocal
-----------------------------------------

S.Y